קשה להגדיר את תופעת האפליה בשוק העבודה, ולסווג האם מדובר ב"אפליית טעמים" אפליה של פרט בשל השתייכותו לקבוצה מסוימת, "אפליה סטטיסטית" - אפליה הנובעת מסיווג סטטיסטי של קבוצה, או "אפליית טרום שוק" אפליה על בסיס - שיקולים רלוונטיים לשוק העבודה, אשר נובעים מאפליה מחוץ לשוק העבודה. קשה לאבחן את ביטוייה של האפליה, שכן חלק מביטוייה סמויים וקשה להעריך את מידתם. אפליה בשוק העבודה עשויה לפגוע בצמיחה; אם אדם משכיל ובעל יכולות מופלה, ואינו מתקבל לתעסוקה ההולמת את יכולותיו בשל שיוכו לקבוצה מסוימת, הכלכלה מקצה את משאביה באופן לא יעיל, ולכן היא נפגעת. בנוסף, אפליה בשוק העבודה עשויה לפגוע
במובילויות סוציו אקונומית בחברה, ולהקשות על יצירת שוויון הזדמנויות וחוסן חברתי. בישראל, כחברה הטרוגנית, קיימות קבוצות אוכלוסייה מגוונות שעשויות לחוות אפליה.
כדי למנוע אפליה זו, נחקקו בישראל חוקים שונים. המרכזי שבהם הוא חוק שוויון הזדמנויות בעבודה, הכולל בתוכו התייחסות רחבה למניעת אפליה על רקע מין, נטייה מינית, מעמד אישי, הריון, טיפולי פוריות, טיפולי הפריה חוץ גופית, הורות, גיל, גזע, דת, לאומיות, ארץ מוצא, מקום מגורים, השקפה, השתייכות למפלגה, או שירות מילואים. חל איסור להפלות בקבלה לעבודה, בתנאי העבודה, בקידום בעבודה, בהכשרה או השתלמות מקצועית, בפיטורים או פיצויי פיטורים, ובהטבות ותשלומים הניתנים לעובד בפרישתו מהעבודה. יישום החקיקה אינו אופטימאלי, בשל אריכות תהליך הגשת התלונה, הקושי בהוכחת האפליה, היעדר אכיפה, ויכולתם של מעסיקים לעקוף פסיקות בנושא אפליה, בהעבירם את רכיב האפליה מתחום אחד לאחר, הגלוי פחות, או שקשה לזהותו.
בממצאי הסקר "אי שוויון במקומות עבודה - 2016 " נמצא כי 18% מהנשאלים חוו אפליה בשכרם, 14% בקידום בעבודתם, 10% בתנאים נלווים, 8% בקבלה לעבודה, 7% ביחס כללי, 6% בפיטורים ו- 4% בשליחה להכשרה או השתלמות. השיעור הכללי של מי שחווה אפליה במקום עבודתו הנוכחי או זה שקדם לו נאמד בכ- 40% מהנשאלים. בדומה לסקרים קודמים, גיל הינו הפרמטר בגינו עובדים הופלו בשיעור הגבוה ביותר במקומות בהם עבדו הנשאלים בחמש השנים האחרונות; כ- 43% . כמו כן, שיעורי אפליה גבוהים נצפו כלפי החברה הערבית 35%, הורים לילדים קטנים 33% , בעלי מוגבלויות31% , נשים בכלל 30% ונשים בהריון וטיפולי פוריות בפרט 30%. שיעור מעט נמוך
יותר נצפה כלפי האוכלוסייה האתיופית 27% והחרדית 21%.
כדי להתמודד עם סוגיית האפליה, יש מי שיאמרו כי כדאי להשקיע מאמצים במזעור האפליה במנגנונים קודמים לשוק העבודה, כמנגנון ההשכלה הגבוהה, מנגנון החינוך לגיל הרך, בתי הספר היסודיים והתיכונים, מנגנונים שלטוניים, ומנגנונים סוציאליים. באמצעות השקעה זו ניתן לצמצם פערי פריון ויכולת של המועסקים בקבוצות מסוימות בשוק העבודה. דבר זה יצמצם תופעות של תגמול שכר נמוך, מניעת קידום, ואי העסקה מלכתחילה. לא כל שכן, אי חקיקה למניעת אפליה, והעדר אכיפה מספקת, פוגעות בתמריצים, ובמוטיבציה של פרטים מקבוצה מוחלשת להשקיע את המשאבים הדרושים כדי להשכיל ולהתמקצע.
אפליה בשוק העבודה אינה מתבססת רק על פערים הנובעים מ"אפליית טרום שוק", אלא גם על "אפליית טעמים". בהתאמה לכך מתחייבת חקיקה ואכיפה ראויה. חקיקה זו מורכבת, מכיוון שקיים קושי הן בחקיקה כללית והן בחקיקה חדה וממוקדת. לדוגמה, חוק ממוקד האוסר לפטר עובדת בגיל הפוריות בשל כל סיבה שהיא, עלול לגרום לכך שתהיה ירידה במספר הנשים המועסקות בגילאים אלו. חוק כללי האוסר להפלות נשים בהריון אינו מספק כדי למנוע את אפלייתן.