הקיפאון התמידי לכאורה בשיחות השלום בין הפלשתינאים לישראלים בצירוף המצב הסוער באזור, משפיע וישפיע גם בעתיד על רווחתה של החברה בישראל. מבצע ההתנחלויות המתמשך כרוך בעלויות גבוהות ובנטל כבד על המשק והחברה בישראל, ואין זה משנה עם הסיבה לכך היא הוצאות הביטחון או ההוצאות האזרחיות בגדה המערבית, ההאטה בהשקעות או איומי החרם.
הפעילות בהתנחלויות והמשבר הבלתי פוסק גורמים לעלויות ישירות ועקיפות, גלויות וסמויות. עם ההוצאות הישירות הגלויות אפשר למנות: בנייה ממשית ובניית תשתיות בהתנחלויות, פעילות צבאית לאבטחת המתנחלים, סובסידיות ותמריצים ממשלתיים. הוצאות עקיפות וסמויות כוללות: ירידה בהשקעות מגורמים מקומיים וגורמי חוץ, האטה ביצוא וצמצום שיתוף פעולה כלכלי ומדעי עם גופים בינלאומיים כתוצאה מן החרם.
השיח הפוליטי והציבורי בישראל בעניין ההוצאות על ההתנחלויות, מתמקד בתקציבים ממשלתיים שהוקצו לפעילות בגדה המערבית. רוב הציבור אינו מודע להיקף ההשקעות בהתנחלויות בעבר, ולהוצאות ולתשלומים הישירים והעקיפים בהווה ובעתיד.
במחקר הנוכחי נעשה שימוש במגוון רחב של מקורות מידע, נתונים ושיטות, כמה מהן חדשניות ומאפשרות דיוק מרבי. המטרה העיקרית של המחקר הייתה הצגת אומדן מדויק ומפורט ביותר, תוך שימוש במקורות מידע רשמיים, זמינים ומדויקים בלבד, עם מידה מועטה ככל האפשר של השערות וספקולציות.
התמיכה הממשלתית חולקה לשניים: החלק הראשון ניתוח התמיכה במערכות הציבוריות באמצעות תקציבי ביטחון, רשויות מקומיות ופיתוח. והשני, ניתוח התמיכה הישירה ליחידים, למשקי בית ולחברות.
האומדן הכולל של ההוצאות הממשלתיות המיוחדות (הנוספת מעבר לממוצע הארצי) להתנחלויות מסתכם ב- 1.0998 מיליארד ₪ לשנה, או ב-3,090 ₪ למתנחל ו - 13,689 ₪ למשק בית בגדה המערבית. היישובים ממזרח לגדר נהנים מחלק גדול משמעותית מההוצאה השנתית לנפש עם 5,288 ₪ לעומת 2,439 ₪ ממערב לגדר. אומדן הון הבנייה מצביע על כך שבמהלך 40 השנים האחרונות, ממשלות ישראל, רשויות מקומיות וחברות פרטיות בנו 13.2 מיליון מ"ר בקירוב של מבנים אזרחיים בגדה המערבית. ב-2014 שוויו של מלאי המבנים בשטחי יהודה ושומרון מוערך על ידנו בכ- 108.9 מיליארד ₪. עיקר מלאי הבנייה נמצא בגושי ההתיישבות ממערב לגדר ההפרדה, עם 85.4 מיליארד ₪ לעומת 23.5 מיליארד ממזרח לגדר .